La Persecución Religiosa fue uno de los casos más polémicos dentro del Terror Rojo porque de todos los crímenes de la Guerra Civil Española cometido por ambos bandos fue el único que alcanzó la categoría de genocidio. Este suceso que básicamente se centró en el exterminio físico de todos los seglares de la Iglesia Romana y en el aniquilamiento de la cultura cristiana occidental; se llevó a cabo en tres fases consistentes primero en convertir a los católicos en ciudadanos de rango de inferior, luego en matarles directamente y por último en borrar su memoria incendiando templos, quemando documentos y bibliotecas, destruyendo edificios religiosos y acabando con todo tipo de iconografía como esculturas, pinturas, retablos, murales, figuras, crucifijos, etcétera. Precisamente más de 20.000 iglesias, conventos, monasterios y catedrales de la España del Frente Popular fueron quemados, saqueados y derrumbados por oleadas enfurecidas de anarquistas y socialistas. Durante estos asaltos fueron asesinados 334 sacerdotes en Madrid, 327 en Valencia, 286 en Toledo, 279 en Barcelona y 270 en Lérida, así como el 62% de los seglares de Tortosa, el 55% de los de Segorbe, el 49% de los de Menorca, el 48% de los de Málaga y otros muchos en Albacete, Guadalajara, Sevilla, Jaén, Almería, Ciudad Real, Cuenca, Oviedo, Gerona, Badajoz, Guipúzcua, Teruel, Tarragona, Sigüenza, Cienpozuelos, Guadix, etcétera; siendo las diócesis del Monasterio de Barbastro con 123 muertos (88% de los inquilinos) y del Monasterio del Escorial con 73 fallecidos las más afectadas por la represión. Tal cantidad de víctimas llegaron a sumar un total de 10.000 religiosos asesinados entre los que hubo 7.000 miembros del clero con 13 obispos, 282 monjas, 2.000 frailes, 4.000 sacerdotes y varios cientos de claretianos, franciscanos, escolpaios, maristas, agustinos, jesuitas y dominicos; además de otros 3.000 cristianos laicos.
Otro de los aspectos del Terror Rojo fue que la represión se aplicó sistemáticamente entre las mismas izquierdas del Frente Popular debido a la marcada rivalidad por hacerse con el control de la República e imponer cada una su propio totalitarismo. Inicialmente las primeras víctimas fueron anarquistas descontrolados que el Ejército Republicano en manos del Gobierno tuvo que reprimir para restituir el orden en las ciudades. Sin embargo las cosas fueron cambiando a peor cuando los comunistas del PCE apoyados por agentes estalinistas de la URSS liderados por el comisario Alexander Orlov se hicieron con el control de las fuerzas de seguridad con la intencionalidad de arrestar y secuestrar a miles de anarquistas de la CNT y trotskystas del POUM que fueron inmediatamente ejecutados en grandes cantidades. Curiosamente entre las víctimas del POUM, cuyos cuadros y militancia fueron eliminados y encarcelados en su mayoría, estuvo su líder Andreu Nin que fue torturado, desollado y finalmente ejecutado en Alcalá de Henares.
Incluso desde Moscú se envió a agentes de la Policía Secreta del NKVD para aniquilar a disidentes comunistas extranjeros que cayeron ante los piquetes de ejecución soviéticos como el austríaco Kurt Landau, el checo Erwin Wolf, el alemán Mark Rein, el francés Gaston Delasalle, el ruso Nokólai Skoblin o los italianos Camillo Berneri y Francesco Barbieri. Tampoco faltaron los castigos ejemplares por cobardía como los 53 voluntarios de la 84ª Brigada Mixta ejecutados en Mora de Rubielos. Sin embargo las matanzas no terminaron ahí, pues tras la eliminación de anarquistas y trotskystas, tanto los comunistas del PCE como los socialistas del PSOE se enfrascaron en una guerra particular de secuestros y fusilamientos entre ellos mismos que dejó un nuevo escenario sangriento hasta el fin la de la contienda.
Durante toda la Guerra Civil Española entre 1936 y 1939 fueron asesinadas un total de 55.000 personas en la zona republicana como parte del Terror Rojo.